渚薰失去了對Mark.06的掌控，但Mark.06依然擁有着增幅過後的AT力場。

這個AT力場彷彿結界一般，將渚薰封鎖住。

Mark.06的S2機關在此刻爆炸了，其釋放出的足以毀滅周邊一切的能量，被限制在Mark.06的內部。

連爆炸的聲音都沒有，就像是一切收縮成了一個奇點。

渚薰和Mark.06一起，化作了虛無。

SEELE，魂之座。

“朗努基斯之槍終於回到了祂的手中。”

“所有的使者都完成了他們的任務。”

“雖然有些冒險，但我們的願望終於要實現了。”

“條件還不完備，但也只能如此，再拖下去，恐生變數。”

“讓EVA量產機，歸於其原貌。”

“帶給我等人類福音的真貌。”

“透過平等的死和祈禱，人們將歸其原貌。”

“這也是靈魂的安息。”Keel議長說：“那就開始儀式吧。”

“現在讓中心之樹復活，我等僕從，EVA量產機，就是爲了此刻而誕生的。”

碇源堂帶着綾波麗，來到了最終教條區。

他提前Mark.06一步來到了這裏，爲了防止他手上的亞當胚胎引起渚薰的注意，他一直蟄伏着，等待Mark.06按照計劃湮滅才現身。

他趟過了橙色的生命之水，擡頭看向天花板上的大洞。

碇源堂的得知的計劃當中，是要用莉莉絲來舉行最後的儀式的，所以才讓與亞當融合的他回到NERV。

但是從現在的情況來看，SEELE的真實計劃，是要以初號機爲神的替身，他也只是SEELE計劃中的一部分。

不過他早有預料，老人們可不是那麼簡單就能處理的對手。

捕獲了S2機關，並且融入了人類靈魂的初號機，同時擁有了生命果實和智慧果實，初號機已經有了成神的資格。

碇真嗣沉睡的靈魂醒了過來，朗基努斯之槍束縛住了初號機的動作，他什麼都做不了，只能眼睜睜看着EVA量產機咬住初號機的光翼，將仿造的聖槍插入自己的胸膛。

強大的反AT力場，以初號機爲中心爆發出來。

這便是第三次衝擊的開始，與十五年前的第二次衝擊如出一轍。

身處地下生態圈的明日香和美里，能透過那個大洞看到天空中的初號機。

美里想起了十五年前的記憶，她那個時候還是個孩子，和父親一起在南極，見證了第二次衝擊的發生。

唯有她被父親塞進救生艙活了下來，其他人都死了。

“又來了嗎？”美里咬牙：“難道我們還是什麼都做不了嗎？”

身處最終教條區的綾波麗，她的身上開始出現了變化。

她的身體好像太陽底下的冰淇淋一樣融化了，開始失去人的形狀。

“麗，AT力場沒辦法維持住你的人形了。”

碇源堂脫下了手套，他掌心融入了亞當的胚胎，呈現出一種扭曲的樣子。

正在他想要觸碰綾波麗的時候，伊恩終於騎着兵長抵達了最終教條區。

他只比Mark.06晚到十幾秒鐘，這十幾秒鐘是爲了保護美里和明日香耽擱的時間，但就是這十幾秒，Mark.06就消失得無影無蹤了。

他不清楚到底發生了什麼，但看到碇源堂和綾波麗出現在這裏，一副要啓動第三次衝擊的樣子