《数码世界：被选中者的征程》讲述了一位13岁的少年阿天，在2025年的一次学校科技馆参观中，因触碰神秘数字交互装置而意外进入充满数字代码与霓虹光线的数码世界。在这里，他邂逅了浑身散发柔和光芒的种子兽，并结识了热情的晓妍、冷静的哲宇和勇敢的小明等伙伴。然而，数码世界正遭受“混沌之力”的肆虐，数码宝贝被侵蚀变得狂暴。为了拯救这个世界，阿天一行踏上了艰难的征程。在冒险中，他们穿越黑暗森林，遭遇被混沌之力控制的多路兽，在激烈战斗后成功击退敌人。随着深入调查，他们发现混沌魔王是这一切混乱的根源，藏身于黑暗城堡。历经重重磨难来到城堡前，面对大批被控制的数码宝贝，众人并肩作战，数码宝贝接连进化。在与强大的混沌魔王的最终对决中，阿天忆起与伙伴们的相互扶持，众人受其鼓舞，数码宝贝纷纷超进化，成功击败了混沌魔王，驱散了混沌之力。数码世界重归和平后，阿天与伙伴们不得不和数码宝贝告别。回到现实世界的阿天变得开朗自信，那段冒险成为他心中最珍贵的回忆，并激励他勇敢面对未来的挑战。