《至尊神医》故事发生在云城的福仁医馆。主人公萧天是一个学医的学徒，也是苏家大女儿的丈夫。他在苏家受尽了丈母娘徐翠花的辱骂和指责，每天辛苦工作却只能拿到微薄的工资。一天，萧天不小心打碎了药罐子，发现里面藏着一块神秘的翠绿色玉佩。当他接触到玉佩时，突然感到一股神秘能量进入他的身体。他的眼睛瞪大，脑海中涌现出大量的信息，包括医经、丹经、武经、卜经、巫经和毒经等。这些信息让他熟悉于心，好像一直就是他的。他发现自己掌握了苏氏针法中的第二针，这是一种起死回生的神奇针法。以前，他因只会第二针而被嘲笑为“废物”，但现在他突然获得了这个古老的传承。从此以后，他决心要展示自己的医术。